廉政公署在初步分析上述的舉報信後，根據《廉政公署組織法》的規定開立卷宗並採取相應的調查措施，包括向權限部門索取文件資料和聽取有關人士的聲明，就有關批給資助的合法性進行分析。
一、 澳門基金會資助暨南大學的經過
澳門基金會於今年4月收到暨南大學的申請，希望就該校南校區教學大樓及傳媒教育大廈的建設給予資助。澳門基金會行政委員會在分析暨南大學遞交的資料後，認為有關的資助申請具合理性及可行性，由於申請的金額超過了行政委員會的權限，因此決定將申請遞交信託委員會討論審議。
澳門基金會信託委員會在今年4月13日舉行的會議上，討論了暨南大學的資助申請，一致同意於2016年資助暨南大學興建傳媒教育大廈，資助金額為人民幣5000萬元；於2017年資助暨南大學興建其他校園發展項目，上限不超過人民幣5000萬元。
根據澳門基金會負責人的陳述，雖然信託委員會通過了有關資助的申請，且暨南大學已經遞交了與資助有關的所有文件，例如招標、評標、土地使用權等資料，但是有關資助的執行細節尚在商討之中，待達成協議之後資助才會正式支付。
二、 澳門基金會資助暨南大學是否違法
澳門青年動力的舉報信認為，暨南大學向澳門基金會申請資助是由內地官方公然向特區政府索款的行為，因此違反了《基本法》第104條“澳門特區財政保持獨立和自行支配財政收入，不上繳中央人民政府”的規定。
廉政公署認為，《基本法》第104條所指的“上繳”是指地方政府將特定期間內的財政收入，包括稅收和其他依法獲取的款項，按照法律規定強制向中央人民政府交付的機制。而此次資助是澳門基金會應暨南大學申請並按照法定的程序評審後作出的決定，基金會的機關具有作出是否批給資助款項的自主權，“資助”與“上繳”的內涵及性質完全不同，因此沒有違反《基本法》第104條的規定。
《澳門基金會章程》第2條規定，“基金會之宗旨為促進、發展或研究文化、社會、經濟、教育、科學、學術及慈善活動”，“基金會主要在澳門開展活動，可與基金會宗旨相符活動之機構或實體進行交流及合作，並在需要時按章程及其他適用法規之規定給予資助”。從該條文可知，雖然基金會的活動須以澳門為主，但亦允許與澳門以外的機構進行交流及合作，並按照章程及其他適用法規的規定給予資助。由於資助暨南大學教育設施的建設符合基金會的宗旨，因此依法定程序審批的資助並未違反法律的規定。
三、 信託委員會成員是否違反迴避的法律規定
澳門青年動力在舉報信中表示，行政長官和部分社會人士既是澳門基金會信託委員會主席和委員，亦是暨南大學副董事長和董事，是此次資助暨南大學事件中的主要利害關係人，具有資源分配者和受益者的身份，存有明顯的角色衝突，違反了澳門《行政程序法典》中有關官員本身、其家人、代理人等須迴避的規定。
根據《行政程序法典》第46條及50條有關必須迴避及自行迴避的規定，當行政當局機關的據位人本人、其親屬或以代理人身份參與作出的行政程序、行為或合同有利害關係時，應該作出迴避。廉政公署認為，從法律上釐定清晰行政長官和部分信託委員會委員兼任暨南大學董事會副董事長和董事，是否可被視為暨南大學的“代理人”並因此需要作出迴避，是評定此次資助是否違法的關鍵所在。
《民法典》第251條對“代理人”作出了法律上的定義，為清晰“代理人”的含義，《澳門基金會各合議機關適用迴避制度之內部規章》第1條規定，為著《行政程序法典》第46條a)項的效力，澳門基金會的合議機關作出的決議所涉及的實體的“代理人”是指：
a) 根據有關章程的規定，有權限在第三人面前或在法庭內外代表該實體的人或機關；以及
b) 或申請實體賦權或授權，在澳門基金會的合議機關決議所涉事項上代表該實體的人。
根據《暨南大學董事會章程》的規定，董事會的職責是協助國務院僑務辦公室辦好暨南大學，董事會成員有職責對大學的運作進行監督及提出意見，但並不具有對外代表大學的法定職責，而且也未獲授權在向澳門基金會申請資助時代表暨南大學，所以不能將行政長官和部分信託委員會委員定性為暨南大學的“代理人”。
因此，在澳門基金會資助暨南大學的審批程序中，沒有出現《行政程序法典》和《澳門基金會各合議機關適用迴避制度之內部規章》為了避免角色和利益衝突而規定的必須迴避的情況，亦沒有出現上述法規和內部規章所指令人合理懷疑行政當局人員的無私或其行為正直而須提出自行迴避的情況。
四、 信託委員會的成員是否存在利益輸送
廉政公署認為，暨南大學作為內地政府部門開辦的從事高等教育活動的事業單位，本身具有公法人的性質，其財政資源均須依法用於公共教育事業上。澳門基金會批給暨南大學的資助，符合基金會的宗旨及法定的程序，且沒有違反有關迴避的法律規定，因此無跡象顯示存在舉報信中所述的“利益輸送”的情況。
對於舉報信提到的澳門基金會信託委員會和行政委員會多由傳統社團代表和商界人士組成，部分同時為行政長官選舉委員會的成員，因此“屬同一利益集團，有互相勾結之嫌”，廉政公署認為有關結論僅屬舉報者的揣測。
經調查後，由於無證據顯示此次澳門基金會向暨南大學批給資助的程序和決定違反上述的法律規定或存在刑事違法跡象，舉報信所提及的指控並不成立，故廉政公署依法將此案作歸檔處理。
