為保障本澳居民健康,衛生局一直致力向居民提供全面的防疫接種服務。根據第148/2013號行政長官批示核准的「澳門特區防疫接種計劃」,包括了預防13種疾病的疫苗,其中除了區內國家/地區常包括的預防結核病、乙型肝炎、百日咳、破傷風、白喉、小兒麻痺症、麻疹、德國麻疹、腮腺炎等疾病的疫苗外,還包括預防肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌(引起幼兒腦膜炎)、水痘和近年加入的預防子宮頸癌疫苗,而18歲以下的澳門居民可得到免費接種;澳門居民中的育齡婦女及乙型肝炎高危成人亦可得到相關疫苗的免費接種。除了特區防疫接種計劃內的疫苗,為預防社區流感的爆發和減低澳門出現流感重症的機會,衛生局每年為澳門流感高危人口購買足夠的流感疫苗供合資格的居民接種。
為確保澳門防疫接種使用的疫苗量,衛生局每年均會根據出生人數等人口資料估計第二年所需疫苗量並根據估計提早訂購。為確保澳門居民接種需要,衛生局在多年前已作出規定,要求各接種單位包括鏡湖醫院和工人醫療所,只可將衛生局供應的澳門特區「澳門防疫接種計劃」用疫苗用於澳門居民,其他人士即使付費亦不會得到這些疫苗的接種。有關疫苗供應充足,居民毋須擔心。
此外,根據本澳的流行病學狀況,流行性腦膜炎疫苗並未包括在澳門特區防疫接種計劃內,衛生局只存在少量流行性腦膜炎四價結合疫苗供暴發時使用及到流行區長期停留或就學的居民付費接種。在保證澳門居民需要的前提下,亦可為在澳門定居的非居民接種,每年約有50人接種該疫苗。
根據衛生局資料,專用於澳門特區防疫接種計劃的疫苗幾乎只有衛生局採購和供應,其他並非專用於澳門特區「澳門防疫接種計劃」的疫苗如預防子宮頸癌疫苗、乙型肝炎疫苗則可在私人醫療機構接種。但根據法律規定,私人診所並不能儲存疫苗,只能由醫生處方給就診者到藥房購買接種。由於衛生局已在長期向18歲以下的澳門居民免費提供這些疫苗,這些成人用疫苗在澳門的需求和供應不大,並不能向外地兒童提供接種。