在負責工程的建設發展辦公室作出公告後，預計拆卸該地段內全部建築物的第一期工程為期120個工作天。為進行拆卸工程及保障該地區居民及一般大眾的安全，建設發展辦公室會圍封整個工地範圍，首先進行嘉安閣後門至加思欄後新馬路的路段附近的建築物拆卸工作。同時，為方便鄰近居民於賽車期間出入，賽車期間會於該路段開放一條行人通道，專供該地區的居民使用。衛生局強調，工程以保障該地區及一般大眾的安全為基礎，並提醒居民在拆卸工程期間出入該路段時要注意安全。
衛生局表示，為讓廣大居民進一步瞭解擴建傳染病計劃及反映意見，在過去數月已主動透過報紙廣告、電台、新聞稿向公眾解釋相關工作，並透過信箱投遞的方式邀請鄰近住戶及傳媒參觀衛生局的傳染病隔離設施，實地介紹防控設施運作、講解工作流程、回答參觀者問題等，讓參觀者釋除疑慮；致力透過資訊公開，讓社會充分瞭解到擴建傳染病大樓的必要性與迫切性。雖然，任何公共政策都難以獲得所有居民同意，亦樂見大部分居民理解及支持興建傳染病大樓的計劃。
衛生局亦再次重申，擴建傳染病大樓計劃一直遵循世衛組織的指引和建議，得到了世界衛生組織與國家衛生和計劃生育委員會的專業肯定與支持。傳染病大樓的設計，無論是空氣過濾系統、醫療廢棄物的處理、隔離區，病人分流區，診療室等已達到世界衛生組織的要求，與英國、澳洲等國的標準一致；計劃設計過程中亦與文化局及建設發展辦公室就相關事宜保持充分的溝通，衛生局呼籲市民在討論相關問題時，應以客觀理性的科學態度面對。
而有關工程涉及一段城牆遺跡的保育問題，文化局表示，處於山頂醫院傳染病大樓計劃範圍內近加思欄馬路的一段城牆遺跡，目前是待評定的不動產。其長約50多米，厚度近3米，經考證其應為葡萄牙人為防禦侵襲，於17世紀初在澳門所興建城牆之一部份，具有珍貴的歷史文化價值。於2013年4月至2014年7月，文化局對其進行了修復工作，目前城牆的保存狀況良好。
在傳染病大樓之建築計劃中，對城牆有多方面的考慮。在安全性方面，文化局、衛生局、工務局及建設辦等部門，自2010年起，就該計劃保持密切的溝通，以確保有關計劃對舊城牆遺跡有足夠的保護。同時，文化局劃出了有關城牆的保護範圍，以及建議計劃應預留公共行人通道，以接通加思欄後新馬路及若憲斜巷，而該通道最外端與城牆遺跡相距不少於4米。而根據文化局向建設辦提出的工程意見，在工程期間，須持續對城牆的結構和周邊地質狀況的變化進行監測，以及制定工程期間對城牆需要實施的保護措施等。至於另一側的私人地段，其發展亦須遵守相關的限制，包括《文化遺產保護法》對待評定不動產的保護措施，以及第83/2008號行政長官批示的規定等。
根據傳染病大樓計劃，日後市民或遊客可以沿路而上，直接與城牆遺跡接觸。而城牆遺跡將來結合周邊既有之文化遺產，如陸軍俱樂部、加思欄花園、炮台及兵營等，於該區連成網絡，以強化其整體的文化氛圍。文化局亦會在工程各階段，持續留意城牆的保護狀況。
